《名侦探柯南》作为一部长期连载的日本推理漫画，自1994年开始至今，已经构建了一个庞大的故事世界。故事围绕着高中生侦探工藤新一（化名江户川柯南）的冒险展开，他因为被黑暗组织袭击而被迫服用了毒药，身体缩小成了小学生的模样。在这一过程中，柯南结识了许多朋友，包括毛利兰、灰原哀、服部平次等。

关于柯南最后会和谁在一起的问题，实际上这取决于读者对剧情发展的个人理解和猜测。在故事中，毛利兰是柯南的重要伙伴之一，也是他青梅竹马的好友。两人从小一起长大，关系非常亲密。从某种意义上来说，柯南对兰有着深厚的感情。然而，在故事的发展过程中，柯南也与多位女性角色建立了深厚的友谊，比如灰原哀、世良真纯等，她们也在关键时刻给予了柯南支持和帮助。

值得注意的是，《名侦探柯南》尚未完结，因此柯南最终会选择与谁共度余生仍然是一个未知数。青山刚昌老师曾表示过，柯南的故事线复杂且漫长，未来可能会有多种可能性。对于许多粉丝而言，柯南与兰的爱情线索是最为期待的一部分，但也有不少粉丝认为柯南与其他女性角色之间的关系同样值得关注。

总之，《名侦探柯南》是一部充满悬疑和情感纠葛的作品，柯南与谁在一起的故事结局将留给读者无限遐想的空间。