探讨中国历史系最好的大学，我们往往需要考虑多个维度，包括学术研究水平、师资力量、教学质量、研究成果以及学科影响力等。在中国，北京大学和清华大学无疑是中国顶尖的两所高等学府，它们在人文社科领域也有着深厚的研究基础和卓越的教学质量。

北京大学的历史学系作为国内最早设立的历史学专业之一，拥有悠久的历史和丰富的学术积累。该系不仅师资力量雄厚，还与国内外多家知名高校和研究机构保持紧密合作，为学生提供了广阔的国际视野和发展平台。此外，北京大学历史学系在古代史、近现代史等多个研究领域都处于领先地位，其研究成果在国内乃至国际上均享有盛誉。

同样，清华大学历史系近年来也取得了显著的发展，特别是在科技史、环境史等领域有着独到的研究视角和成果。清华历史系依托于综合性大学的优势，注重跨学科研究，这使得其在历史研究方面具有独特的视角和方法论创新。

除了北大和清华之外，还有其他一些大学的历史学系也非常出色，如复旦大学、南京大学等。这些学校在各自擅长的研究领域都有着深厚的积淀和突出的表现。

综上所述，关于“中国历史系最好的大学”，并没有一个绝对的答案，不同的大学因其特色和优势，在不同领域都有着卓越的表现。选择适合自己的学校和专业方向，才是最重要的。