发票存根联的保存年限是一个重要的财务管理和税务合规问题。根据中国税务法规，企业必须妥善保管各种财务票据，包括发票存根联。具体到发票存根联的保存年限，通常遵循以下原则：

1. 税务法规规定

根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十条的规定，开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存五年。保存期满，报经税务机关查验后销毁。

2. 会计档案管理

除了税务法规的要求外，企业还需要根据《会计档案管理办法》来管理发票存根联。该办法规定了企业需要保存的会计凭证、账簿及其他会计资料的期限。一般情况下，发票存根联作为原始凭证的一部分，也应至少保存五年。

3. 特殊情况

对于一些特殊行业或特定类型的交易，可能需要更长时间的保存。例如，涉及重大税务案件或争议的发票，可能需要在税务机关指导下延长保存时间。此外，如果相关交易涉及长期合同或质保条款，也应考虑将发票存根联保存至合同履行完毕。

4. 数字化管理

随着电子发票的普及，许多企业开始采用电子形式保存发票存根联。在这种情况下，仍需遵守上述保存年限的规定，并确保电子文档的安全性和可追溯性。

总之，发票存根联的保存年限一般为五年，但具体情况还需结合企业的实际业务需求和税务法规要求进行综合考虑。企业应建立健全的财务档案管理制度，确保所有财务票据能够得到妥善保管，避免因保存不当而引发的税务风险。