《名侦探柯南》中的琴酒，作为黑暗组织的骨干成员，表面上是一个冷酷无情的杀手。然而，在剧情的发展过程中，他却在某种程度上暗中保护了柯南。这种行为看似矛盾，实则背后有着深刻的原因。

首先，琴酒对柯南的保护源自于对工藤新一身份的怀疑。工藤新一是黑暗组织一直寻找的目标，他们渴望得到他的血液，以便研究出解药。而柯南，即工藤新一服用变小药后的形态，成为组织眼中的替代品。琴酒的保护行为可能源于一种直觉，认为柯南并非真正的工藤新一，而是工藤新一的某种伪装。因此，他在某些关键时刻阻止了其他组织成员对柯南的直接攻击，以免暴露自己的怀疑，同时也避免了柯南的身份被彻底揭露。

其次，琴酒对柯南的保护也可能出于一种“猫捉老鼠”的游戏心态。作为组织的核心成员，琴酒拥有着强大的自信和实力，他可能觉得柯南的存在对自己构不成威胁，甚至可以成为自己展示能力的一种方式。这种心态使他在某些情况下选择放柯南一马，让其有机会继续行动，从而增加自己的成就感。

最后，琴酒的保护行为也可能与组织内部的权力斗争有关。作为组织中的高层，琴酒需要维护自己的地位和影响力。通过在适当的时候保护柯南，他可能在向其他成员展示自己的能力和忠诚，从而巩固自己在组织中的地位。

综上所述，琴酒对柯南的暗中保护，虽然看似不合常理，但背后却隐藏着复杂的动机和原因。这不仅增加了剧情的紧张感和吸引力，也使得角色之间的关系更加错综复杂。